Localizado na última extremidade da Murgia do sudeste da Apúlia (394 m acima do nível do mar), esta cidadezinha está voltada para o sudoeste no Vale de Itria, repleto de trulli. O nome deriva de "Cis-Sturninum", do lado de Sturni, um antigo centro apulo perto de Ostuni que recebeu o nome de Sturno, companheiro do herói homérico Diomedes, que sobreviveu à guerra de Tróia. A primeira informação histórica (1107) sobre Cisternino vem da doação da condessa Sichelgaita, viúva do conde Goffridus, "doa à Igreja e mosteiro de S. Maria Antica de Brindisi, pela alma de seu marido e filho, bem como por sua saúde e a de seu outro filho, Tanchredus, as aldeias de Tuturano e Valerano e outras propriedades, incluindo a Lama de Cisternino". A notícia, em um documento antigo, da presença de Cisternino na Idade Média, mesmo que falemos apenas de lama aqui, mas o fato de ter um nome, sugere que houve um assentamento humano ou, mais provavelmente, uma casa de fazenda.
A primeira evidência arqueológica no Casale di Cisternino é dada pela descoberta, sob a igreja românica de S. Nicola, dos restos de um pequeno templo cristão, construído de forma realista por volta do ano 1000. Papa Alexandre III, com uma bula papal de 26 Fevereiro de 1180 designou esta igreja e o Casale di Cisternino ao bispo de Monopoli. Nas ruínas da antiga igreja de S. Nicolau de Pàtara, foi construída no século XIV. a atual Igreja Mãe. A torre, no topo da qual está a estátua de Sáo Nicolau, constitui a entrada principal de Cisternino. Elevando-se no Colle delle Forche, de acordo com uma tradição antiga, a torre remonta à era romana, construída pelo imperador Cláudio em 44 d.C., mas, na realidade, seu núcleo original remonta à era normanda e, mais exatamente, no final do XI sec. ou no início do XII sec. Sua primeira estrutura tinha a mesma altura da atual (cerca de 18 m), mas era mais estreita.
A torre antiga foi quase completamente destruída no final da década do XIV e renovada e ampliada na primeira década do XV, quando uma nova e poderosa muralha foi construída em torno da torre antiga. No interior, havia pisos de madeira cujos orifícios são preservados onde as vigas foram inseridas. De um andar para o outro, passavam por escadas e escotilhas de madeira.